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Nächst der Eyachquelle gelegen, finden sich in Pfeffingen Besiedlungsspuren schon aus der älteren Eisenzeit (etwa 700 v. Chr.).
Der Ortsname mit der Endung "-ingen", deutet auf eine alemannische Gründung hin; Ortsgründer mag ein Pfaffe gewesen sein.
Seit Bestehen einer kirchlichen Organisation gehörte die Kommune zur Pfarrei Burgfelden;
erst 1575 wurde Pfeffingen selbst zur Pfarrei erhoben.
Bis ins 19. Jahrhundert war die örtliche Wirtschaft in Pfeffingen vom Forstwesen geprägt: Für das 18. Jahrhundert ist Kohlenbrennerei belegt wie auch die Herstellung von Kienspänen.
1836 siedelte sich hier eine Bleiweißmühle an, die als älteste Fabrikanlage Albstadts gilt.